Sebagai wilayah kepulauan, daerah ini memiliki 1.800 pulau besar dan kecil, atol dan taka dengan panjang garis pantai 753 km, dengan 35 pulau yang berpenghuni. Perbandingan wilayah darat dan laut adalah 1:6, dengan wilayah perairan yang lebih dominan.

Potensi sumber daya alam Kepulauan Raja Ampat terletak di jantung pusat segitiga karang dunia (Coral Triangle) dan merupakan pusat keanekaragaman hayati laut tropis terkaya di dunia saat ini. Kepulauan ini berada di bagian paling barat pulau induk Papua, Indonesia, membentang di area seluas kurang lebih 4,6 juta hektar.